Ниндзя-черепашки просто не могут без приключений, но в этот раз зеленые мутанты превзошли сами себя. По неясной причине Эйприл – подруга четвертки ниндзя переносится в прошлое да еще и в феодальную Японию. Рафаэль, Микеланджело, Донателло и лидер команды Леонардо отправляются в прошлое с целью вернуть девушку.
Друзьям-черепашкам удается выяснить, что причина, по которой Эйприл попала в 1603 год – это старинный японский посох, купленный и подаренный девушкой сенсею Сплинтеру. Яйцеварка, как подумала Эйприл, оказалась машиной времени, перенесшей ее в прошлое. Черепашки твердо решают не бросать Эйприл в беде.
Попав в феодальную Японию четвертка ниндзя, оказывается в центре сражения, а в придачу в пылу битвы неизвестно куда исчезает Рафаэль, а вместе с ним и посох. Какие приключения ждут братьев черепашек в стране самураев, удастся ли им спасти Эйприл и спастись самим?
